Durante más de cien años conservaron las madres capuchinas españolas este convento y en ese tiempo lo agrandaron y lo embellecieron pues tuvieron en él muchas y buenas obras de arte, entre las que se contaban las imágenes que habían pertenecido a los Padres Jesuitas, las cuales tuvieron que abandonar después que los expulsó el rey Carlos III de España, en 1767.

De esto y más despojaron a las monjas las Leyes de Reforma que ordenaron su exclaustración en el año de 1863, pero perduran en el edificio las magníficas obras decorativas que habían mandado realizar en las bóvedas que cubren las salas La belleza de estos relieves -que sólo pueden admirarse en este convento-, se afirma en la originalidad de su ejecución y en el profundo simbolismo que en los años que siguieron a la exclaustración de las religiosas, destruidas y ya en nuestro siglo, el Arzobispo Eulogio Gillow, recibió el edificio e instaló ahí talleres de diversos oficios y una casa para ejercicios espirituales.